2016年3月，拜仁与瓜迪奥拉执教的尤文图斯在欧冠1/8决赛中交锋。

12月10日，博努奇在接受PrimeVideo采访时承认，曼城曾经接近1亿欧元收购他，但尤文图斯选择了拒绝。

瓜迪奥拉于2016年夏天正式成为曼城主帅。曼城分别在2015/16和2016/17赛季排名英超第四和第三。这两个赛季的英超冠军分别是莱斯特城和切尔西。博努奇的身价在2016年和2017年达到了职业生涯的巅峰，2017年夏窗，他在德国的身价是职业生涯最高的4500万欧元。

博努奇坦言：“我在2016年和2017年就非常接近加盟曼城。马洛塔告诉我，即使有1亿欧元的报价他也不会卖掉我，而来自英格兰的报价甚至与这个数字相差甚远。”遥远，但阿涅利和马洛塔最终兑现了他的承诺，第二年，瓜迪奥拉告诉我，他需要卖掉曼加拉和奥塔门迪才能买下我，但我。等不及加盟巴黎圣日耳曼的机会了，只有两次出国踢球的机会。”